1.以有機合成技術及微量分析技術為基礎化學之主體；以生化科技及材料化學為應用之領域。
2.「研究群師徒制」教學研究團隊組織與推動
在教學、研究、服務方面形成系內專業團隊。依照教師專長及研究領域組成「有機學術組」、「分析技術組」、「生化工程組」、「分子與光譜組」等四組。以委員會方式共同指導學生，規劃課程，整合研究內容，期能逐步發展成具有深厚學術實力之研究團隊。
3.教學方針著重「銜接」與「實務」
在教學上著重基礎科學教育之銜接，於大一開設「基礎化學」課程整合基本化學觀念。配合各基礎科目均開設實習課程，於大三開始開設「專題研究」課程，學生於畢業前亦需完成「暑期實習」。
4.設立學術-產業互動平台
以應用化學專業服務中心、精密儀器培訓課程、產學合作及在職碩士專班等服務產業需求、推廣在職教育、增進與業界之交流。
5.結合區域資源
在校內與生技所形成一系兩所之架構，在教學、研究上相互支援。在校外也延聘鄰近之藥物毒物試驗所及農業試驗所專家，開授課程或共同指導研究專題，凝聚以生物性農藥為主軸之研究特色。
6.為達國際化目標，本校與澳洲雪梨大學（The University of Sydney）(世界排名約113名) 及福林德斯大學（Flinders University）(世界排名約400多名)已訂有雙碩士學位學程協議，本所碩士生若符合雙方入學資格，在校期間將可至上述兩所大學選讀相關科系碩士學程，並可於兩年半獲得雙碩士文憑。